O objetivo desta pesquisa foi avaliar a estrutura da comunidade bacteriana do biofilme de dentes decíduos em pacientes com cárie severa na infância através da análise de pcr-dgge e verificar a ação de agentes antimicrobianos sobre bactérias prevalentes nesse tipo de lesão. foram coletadas amostras de biofilme bacteriano provenientes de dentes hígidos (g1), com lesão de cárie de esmalte (g2) e dentina (g3) de 23 crianças entre 1 - 5 anos de idade. o dna metagenômico foi extraído pelo o método de ctab, a qualidade do dna foi verificada em gel de agarose seguida de eletroforese, e a quantificação e pureza foi determinado espectrofotometricamente. em seguida, a região v3 do gene rdna 16s foi amplificada utilizando-se o dna extraído e os iniciadores universais ba 338fgc e un518r. a quantidade de amplicons foi analisada por pcr-dgge utilizando gel de acrilamida:bisacrilamida seguida de eletroforese. a aquisição das imagens foi realizada com fotodocumentador. foram obtidos 45 amplicons, nos quais foi observado que as estruturas de comunidades bacterianas dos grupos estudados apresentaram diferenças entre os pacientes e entre os grupos de dentes, onde houve um maior numero de amplicons nos dentes do g2 e g3 quando comparados ao g1 (p < 0,05). para a verificação da ação do gás ozônio e da associação de fluoreto de sódio (naf) com clorexidina (chx) contra s.mutans, l. acidophilus e e. faecalis foi utilizado a análise de recuperação de unidades formadoras de colônia (ufc/ml) em placas com ágar (tsa/sb) após o tratamento, e para os testes da associação do naf e chx foram verificadas por meio de análise da densidade ótica em placas de microtitulação de 96 poços. os dados obtidos do tratamento com ozônio foram submetidos aos testes de wilcoxon (p<0,05), anova e tukey (p<0,05). para os dados de naf-chx foram aplicados os testes de anova 2-way e bonferroni (p<0,05). a contagem de ufc/ml demonstrou morte > 3log10 (99,9%) para todas as bactérias em uma aplicação de ozônio ? 20ppm para s. mutans e ? 200ppm para l. acidophilus e e. faecalis, enquanto que a associação de naf-chx foi mais eficaz (p<0,001) em todos as bactérias testadas quando comparado com as análises das substância isoladamente e ao grupo controle. para este estudo in vitro pode-se concluir que a estrutura da comunidade bacteriana é mais complexa em dentes cariados, e o métodos de pcr-dgge do gene rdna 16s foi comprovado por ser uma ferramenta bastante valiosa para diferenciar a composição microbiana do biofilme dental. todos os agentes antimicrobianos testados foram eficazes no controle do crescimento bacteriano de s. mutans, l. acidophilus e e. faecalis.