Em rios, as assembléias de diatomáceas epilíticas são, geralmente, as que apresentam maior riqueza e densidade relativa, dentre as demais algas. por serem sésseis, as diatomáceas epilíticas não podem evitar potenciais poluentes e respondem rapidamente a alterações no ambiente, permitindo uma avaliação detalhada de parâmetros ambientais e propiciando sua utilização como indicadores da qualidade de água o presente trabalho objetivou conhecer a composição e estrutura de assembléias de diatomáceas epilíticas da bacia hidrográfica do rio itajaí e sua relação com algumas variáveis físicas e químicas da água superficial e com o protocolo de avaliação rápida (par), que mede a integridade ambiental a partir de dados físicos coletados in loco. foram definidos 20 pontos amostrais e a amostragem foi realizada em um único período de coleta entre abril e maio de 2009. para verificar a similaridade entre os pontos amostrais estudados, foi realizada uma análise de cluster, utilizado o coeficiente de bray-curtis, a partir da matriz de espécies abundantes e dominantes. todos os pontos amostrais estudados, quanto à ph, turbidez e dbo5, enquadraram-se como rios de classe i de acordo com a resolução do conama 357/2005. a análise quantitativa das amostras permitiu a determinação de 142 táxons infragenéricos, divididos em 51 gêneros e 26 famílias. entre os táxons determinados, 125 pertencem à classe bacillariophyceae, 10 táxons pertencem à classe coscinodiscophyceae e a classe fragilariophyceae apresentou 7 táxons. a variedade hydrosera wampöensis var. hexagona foi citada pela primeira vez para o brasil. a análise de cluster mostrou que os pontos estudados apresentaram baixa similaridade entre si, demonstrando que a estrutura das assembléias das diatomáceas nos rios estudados é muito diversa e não esteve relacionada com o grau de integridade ambiental apontado pelo par. com relação à distribuição dos táxons, foi observado uma tendência a riqueza e densidade relativa maior de espécies do gênero navicula, gomphonema e nitzschia em pontos amostrais onde a turbidez era maior. em pontos amostrais com baixa turbidez ou pouco sombreados e velocidade de corrente mais altas, constatou-se maior riqueza e densidade relativa de espécies monorafídeas. os rios que apresentaram quedas d’água à montante apresentaram grandes áreas de remanso, e possibilitou o desenvolvimento de espécies do gênero aulacoseira e melosira, típicas do fitoplâncton.