A questão da segurança transfusional relacionada à redução da transmissão do hiv e hcv está ligada ao recrutamento de doadores de sangue saudáveis, de uma triagem clínica eficaz na qual o sangue é coletado de indivíduos isentos de comportamento de risco para doenças infecciosas e no uso de testes para diagnóstico sensíveis e utilização de boas práticas laboratoriais. este estudo tem o objetivo geral de analisar os aspectos epidemiológicos e logísticos relacionados à implantação do nat hiv/hcv bio-manguinhos® na triagem de doadores de sangue. estes aspectos envolveram a estimativa do risco residual para o hiv e hcv entre os doadores de sangue de santa catarina, sendo possível evidenciar que houve a redução do risco após a implantação do nat. o rendimento do nat observado para o hiv no brasil foi de 4,38 casos por milhão de doações de sangue realizadas entre 2011 e 2013 e para o hcv de 1,01 por milhão. verificou-se que 13 transmissões de hiv e três de hcv foram evitadas no brasil. em relação à rotina nat, realizada no centro de hematologia e hemoterapia de santa catarina - hemosc, foi detectada uma amostra em período de janela para hcv e duas amostras para hiv, correspondendo ao rendimento do nat de 1/424.125 doações para o hcv e de 1/212.062 doações para o hiv, em amostra do sul do brasil. no estudo de estabilidade do rna viral para o hcv e o hiv nas amostras testadas, foi possível constatar que as amostras podem ser analisadas nos período máximo de até 168 horas após a coleta e centrifugadas no período de até 144 horas após a coleta em uma temperatura controlada. as amostras podem ser transportadas em temperatura máxima de 25°c. foi possível verificar o desempenho do kit nat lote a lote e a padronização do uso de controle de qualidade interno na rotina, sendo obtido um coeficiente de variação médio para o hcv de 2,36% e de 1,23% para o hiv. esses controles se mostraram de fácil execução e utilização na rotina dos laboratórios nat. verificou-se também que, mesmo com a utilização de técnicas muito sensíveis, como o nat ainda há um risco de transmissão do hiv na transfusão. ficou evidente que ainda há um grande desafio relacionado ao recrutamento e aos procedimentos de triagem clínica dos doadores de sangue no brasil. conclui-se que o uso da plataforma nat hiv/hcv bio-manguinhos® na triagem do sangue doado trouxe para o brasil a melhoria na segurança transfusional, e benefícios tecnológicos empregados na triagem laboratorial de doadores de sangue.