O sequenciamento do genoma plastidial de coníferas vem sendo realizado por meio do isolamento do dna total, seguido por amplificações do dna plastidial através de pcr de longo alcance. esse método de sequenciamento é mais trabalhoso do que o sequenciamento a partir dna plastidial. o sequenciamento do genoma plastidial permite a realização de várias análises comparativas, como estudos filogenéticos, filogeografia, evolução e estrutura, localização de regiões repetidas, identificação de sítios de edição de rna, entre outras. dessa forma, o presente trabalho visou desenvolver um protocolo de isolamento de cloroplastos e dna plastidial em coníferas e sequenciar o genoma plastidial do podocarpus lambertii. o protocolo foi desenvolvido a partir da araucaria angustifolia e araucaria bidwilli (araucariaceae), p. lambertii (podocarpaceae) e pinus patula (pinaceae). o protocolo se baseia no isolamento plastidial a partir de um tampão salino, seguido por gradiente salino de percoll. essas duas estratégias combinadas, reduziram a contaminação e aumentaram o rendimento do dna plastidial. o dna plastidial foi sequenciado em sequenciador illumina miseq, obtendo-se uma cobertura média do genoma de: 24,63 para a. angustifolia, 135,97 para a. bidwilli, 1196,10 para p. lambertii e 64,68 para p. patula. o genoma plastidial do p. lambertii é formado por 133.734 pb e apresentou a perda de uma das regiões invertidas repetidas. o genoma contém 118 genes únicos e 1 trna duplicado (trnn-guu). estruturalmente, o genoma plastidial do p. lambertii apresenta quatro grandes inversões de aproximadamente 20.000 pb quando comparado ao podocarpus totara. o genoma plastidial do p. lambertii apresenta um total de 28 repetições em tandem e 156 simple sequence repeat (ssrs). os resultados obtidos são inovadores uma vez que um protocolo viável para o isolamento de dna plastidial de coníferas com alta qualidade e quantidade de dna foi obtido. adicionalmente, a sequência do genoma plastidial do p. lambertii revelou diferenças estruturais significativas, mesmo em relação à outra espécie do mesmo gênero. os diversos ssrs encontrados no genoma plastidial do p. lambertii podem ser avaliados como regiões polimórficas intraespecíficas, que podem levar, entre outros, a estudos filogenéticos com maior sensibilidade.