O palmiteiro (euterpe edulis) e a canela preta (ocotea catharinesis) são duas espécies estruturantes da floresta ombrófila densa catarinense, ambas consideradas ameaçadas de extinção. o bioma mata atlântica, a exemplo de outros, teve sua área severamente reduzida e fragmentada devido ao histórico de uso e ocupação. dessa maneira, entender quais as relações entre os processos antrópicos de redução e fragmentação de área e a diversidade genética das espécies torna-se vital, no sentido de se modelar estratégias efetivas de conservação. o objetivo deste estudo foi estabelecer relações entre características da paisagem atual e indicadores de diversidade genética histórica (adultos) e atual (regenerantes) de populações de euterpe edulis e ocotea catharinensis, visando fundamentar estratégias de conservação para populações das espécies da fod em santa catarina. foram genotipadas 20 populações de indivíduos adultos e nove de indivíduos regenerantes de palmiteiro, além de 17 populações de indivíduos adultos e sete de indivíduos regenerantes de canela preta. ademais, para cada unidade amostral foram obtidas métricas de classe e de mancha, para a análise da paisagem. posteriormente, os dados de genética e de paisagem de cada espécie e coorte, foram ordenados, por meio de análises de componentes principais (pca) visando identificar paisagens mais favoráveis à conservação de diversidade genética. além disso, a fim de verificar que magnitude da diversidade genética, de ambas as espécies, está contida nas ucs estudadas foram realizadas comparações entre as populações de áreas particulares e populações que estão em unidades de conservação (ucs). ambas as espécies apresentaram, de maneira geral, alta diversidade genética, para ambas as coortes, bem como altos índices de fixação para a coorte adulta. no caso do palmiteiro, houve uma redução média expressiva do índice de fixação na coorte regenerante, fato não observado para a canela preta. as populações, de ambas as espécies apresentaram baixa divergência genética interpopulacional. a paisagem do entorno de cada fragmento é ocupada majoritariamente por florestas em estágio médio ou avançado, e a média de área dos fragmentos estudados foi de 2261 ha para o palmiteiro e de 2959 ha para a canela preta. as relações importantes entre os índices de diversidade genética e os indicadores de paisagem foram poucas, não sendo suficientes para apontar fragmentos ou situações “ideais” para a conservação da diversidade genética das espécies estudadas. agregar aspectos relacionados ao histórico de uso e exploração dos fragmentos, bem como uma revisão de quais métricas a serem utilizadas nas análises se fazem necessárias, para um melhor entendimento das relações entre paisagem e genética. as ucs avaliadas capturam a maior parte da diversidade genética estimada para os adultos das duas espécies. pelos resultados em termos de diversidade genética e pela versatilidade de uso sugere-se que as medidas de conservação para o palmiteiro devam privilegiar o uso da espécie, especialmente de seus frutos. o estímulo à conservação de fragmentos por parte de agricultores, bem como à criação de reservas particulares do patrimônio natural e a utilização da espécie em programas de restauração florestal são ações indicadas como prioritárias para a conservação da canela preta.