As variedades de milho crioulo são cultivadas e conservadas principalmente por agricultores de pequenas propriedades rurais, possuindo características intrínsecas que as distinguem das demais variedades. os riscos existentes são que as variedades crioulas estão obrigadas a coexistir com híbridos geneticamente modificados (gms) e não gms, e mesmo sabendo que não há barreiras biológicas para o fluxo gênico entre as diferentes variedades de milho (híbridas/gms e crioulas) em ambos os sistemas, industrial e de pequena escala, podem existir nas proximidades, e, portanto, o fluxo gênico entre estas variedades é de se esperar que ocorra. o objetivo desta dissertação foi estudar os efeitos da presença de transgenes (eventos tc1507 e tc1507 + nk603) por meio de um screening inicial dos principais grupos funcionais de grãos inteiros e suas partes (degerminados e embriões) em híbridos isogênicos de milho isolados e associados a populações com diferentes proporções de background genético de variedade crioula (rosado-rajado), desenvolvidas para simular contaminações gradativas por fluxo gênico. foram geradas populações com distintos backgrounds genéticos (25, 50 e 75%) entre o milho gm, e sua versão não gm sobre a variedade crioula rosado-rajado cultivadas em condições agrícolas de florianópolis, santa catarina, brasil. foram realizadas confirmações de ausências prévias de fluxo gênico de híbridos gms sobre a variedade crioula rosado-rajado, confirmações das identidades dos híbridos gms e a efetividade dos cruzamentos realizados. comparou-se o perfil metabólico de grãos inteiros, degerminados e embriões dos híbridos isogênicos gms e não gm, da variedade crioula rosado-rajado e das progênies portadoras de 25%, 50% e 75% de genes de rosado-rajado, em combinação com cada um dos três híbridos isogênicos por meio da análise de infravermelho médio com transformada de fourier por reflectância difusa (drifts), e da estatística multivariada (pca e agrupamento). as análises dos grupos funcionais carboidratos, proteínas, lipídios e poli(fenóis) obtiveram agrupamentos dissimilares dependendo do tecido vegetal analisado e do parental híbrido envolvido. nas análises de carboidratos e proteínas de grãos inteiros observou-se um efeito gradativo de distanciamento entre tratamentos, ou seja, estão mais próximos ao genitor gmhr (geneticamente modificada – evento tc1507 + nk603), as populações com proporção média de genes 25%rs e 50%rs, nessa ordem, assim como ao genitor rs, apenas a população 75%rs se agrupou. nas análises de grãos degerminados, os grupos funcionais constituídos pelos carboidratos, proteínas e lipídios não foram bons indicadores para detectar efeito da presença de transgenes, a partir da análise em híbridos isogênicos, e para acompanhar às mudanças decorrentes das contaminações recorrentes de variedades crioulas por pólen de milho gm. os grupos funcionais constituídos pelas proteínas e lipídios de embriões foram satisfatórios para detectar o efeito da presença de transgenes, diferenciando híbridos isogênicos, assim como estes, em relação à variedade crioula. procedimentos metabolômicos, combinado com análise multivariada, possibilitou um screening inicial rápido no estudo de milho gm, colaborando na análise com suas contrapartes convencionais, incluindo variedades crioulas, sendo estas contaminadas por fluxo gênico.