A fragmentação florestal é reconhecida como um dos principais fatores de ameaça as populações naturais, pois causa ruptura na continuidade de habitats. esse processo provoca mudanças tanto nas características da estrutura da paisagem quanto nos índices genéticos de determinadas espécies. este trabalho teve como objetivo indicar estratégias e áreas efetivas de conservação de apuleia leiocarpa, cedrela fissilis e myrocarpus frondosus, por meio da análise da paisagem e da diversidade genética dessas espécies. para isso, foram amostradas nove populações adultas para cada espécie e cinco populações jovens para a. leiocarpa, bem como, caracterizados o uso e cobertura do solo onde se inserem suas populações. foram estimados índices de diversidade genética empregando eletroforese de isoenzimas e a análise da estrutura da paisagem, empregando métricas da paisagem referentes a seis classes de uso e cobertura, num buffer de 4 km a partir do centróide dos fragmentos. em termos genéticos as espécies caracterizadas neste trabalho, apresentaram em média alta diversidade genética e elevado índice de fixação, sendo que as populações jovens de a. leiocarpa, apresentaram um baixo índice de fixação. m. frondosus apresentou elevada estruturação das populações. em termos de paisagem, a cobertura florestal se encontra fragmentada e a matriz composta por agricultura, reflorestamento e pastagens. a análise das informações referentes ao uso do solo e a diversidade genética das três espécies mostraram que as áreas mais fragmentadas apresentaram fragmentos menores, com maior densidade das bordas, menor índice de área-núcleo, formato mais irregular, elevado grau de divisão da paisagem e maior distância entre os fragmentos. nestas áreas há presença maior do número de alelos, heterozigosidade esperada (he) e observada (ho), assim como, o número de alelos raros e exclusivos. os resultados obtidos indicaram a importância de pequenos fragmentos na conservação e manutenção da diversidade genética dessas espécies, mesmo estando sobre forte pressão antrópica, possivelmente em decorrência das característica ecológicas das espécies estudadas. o trabalho reflete a relevância de alinhar o estudo de genética de populações e o contexto da paisagem na conservação dos recursos florestais.