Apesar dos avanços no desenvolvimento de antimicrobianos no século xx e início do século xxi, estima-se em 8,6 milhões o número de novos casos e 1,3 milhões de mortes causadas pelo bacilo da tuberculose em 2012 em todo o mundo. no estado de santa catarina são notificados 1700 novos casos de tuberculose por ano (27 casos/100 mil habitantes), uma das menores incidências do brasil. porém, algumas cidades têm altos índices, próximos a 80 casos/100 mil habitantes. o estado de sc não possui dados moleculares das estirpes resistentes circulantes e a caracterização molecular desses isolados pode auxiliar no diagnóstico e controle da tuberculose no estado. o estudo incluiu 92 isolados de mycobacterium tuberculosis resistentes à isoniazida e/ou rifampicina. os isolados foram caracterizados pelo spoligotyping e miru e a detecção da resistência molecular foi avaliada pelo sequenciamento parcial dos genes associados à resistência para isoniazida (katg, inha e ahpc) e à rifampicina (rpob). entre os 91 isolados resistentes à isoniazida, a mutação mais frequente foi a s315t no gene katg (64,8%). apenas uma mutação foi encontrada no gene inha (s94a) e 8 isolados resistentes continham mutações no gene ahpc. em 23 isolados resistentes à isoniazida não foram encontradas mutações nos três genes relacionados. a mutação s531l do gene rpob foi a mais prevalente entre os isolados resistentes à rifampicina (56,5%). entre os 54 isolados resistentes à rifampicina apenas três não tinham mutações na região sequenciada. nenhuma mutação foi encontrada nos isolados sensíveis e na estirpe h37rv. houve uma correlação positiva entre a mutação katg s315t e as estirpes da família lam e do sit 106. por outro lado, foi encontrada uma correlação negativa entre essa mutação e a família t, indicando que nessa família algum outro mecanismo pode estar presente. para a segunda mutação mais prevalente no gene rpob (s531w), foi encontrada uma correlação positiva com a família lam. o sequenciamento de outras regiões dos genes estudados e outros genes envolvidos com a resistência e a determinação da concentração inibitória mínima poderão contribuir para o entendimento dos mecanismos de resistência nos isolados onde não foram encontradas mutações. estes achados são importantes para o desenvolvimento e aplicação de novos métodos de detecção de resistência de m. tuberculosis.