O presente estudo teve como objetivos verificar a variabilidade das estimativas de atividade física total (aft) e de atividade física moderada a vigorosa (afmv) com acelerômetros actigraph® utilizando diferentes epochs e pontos de corte, estimar o volume de aft e afmv no período escolar e identificar fatores associados de crianças do 2º ao 5º ano de escolas públicas municipais de florianópolis - sc. foram coletadas informações sociodemográficas, medidas antropométricas e de af utilizando acelerometria em escolares de cinco escolas públicas da rede municipal de ensino de florianópolis. foram utilizados parâmetros estatísticos baseados na menor variância para selecionar uma epoch e um ponto de corte para estimar a af nas aulas de educação física, no recreio e no período escolar total. os dados de af foram convertidos em proporção de minutos de aft e afmv. as diferenças no padrão de af dos escolares separados por grupos foram analisadas com teste t de student e anova one way. foram realizadas análises de regressão linear simples e múltipla para verificar os fatores associados à af, utilizando como desfecho a proporção de minutos de aft e afmv no recreio, nas aulas de ef e no período escolar total e, como variáveis independentes, o sexo, ano de estudo, renda familiar mensal, região censitária da escola, escolaridade da mãe e escore z do índice de massa corporal. os resultados mostraram que epochs mais curtos e o ponto de corte de puyau et al. (2002) foram mais adequados para a estimativa da af das crianças. os escolares do 2º ao 5º ano de escolas públicas municipais de florianópolis gastam a maior parte do tempo do recreio e das aulas de ef realizando atividades caracterizadas por comportamento sedentário. os meninos despendem mais tempo em aft e afmv do que as meninas no período escolar total e nas aulas de ef. o tempo gasto em aft e afmv aumentou conforme o ano de estudo, no entanto ocorreu um declínio destas atividades nos escolares do 4º para o 5º ano. os escolares classificados como obesos gastaram menos tempo em afmv comparados aos escolares com peso normal durante todo o período escolar. as crianças das escolas localizadas nas regiões da cidade com maior renda realizaram mais aft e afmv durante as aulas de ef.