Introdução: a microbiota intestinal refere-se aos micro-organismos que reside no trato gastrointestinal, sendo colonizada por bactérias que habitam permanentemente e temporariamente este órgão. além dos fatores comumente envolvidos nas disfunções metabólicas presentes no indivíduo obeso, a microbiota intestinal pode estar relacionada com a patogênese e a progressão da obesidade. na obesidade o acúmulo do tecido adiposo acarreta alterações na homeostase glicêmica e no perfil lipídico. alterações dessas vias metabólicas pela obesidade podem estar relacionadas com a microbiota intestinal. objetivo: avaliar as concentrações fecais de bifidobacterium spp., lactobacillus spp., ph fecal e parâmetros metabólicos em mulheres com obesidade mórbida e comparar com as mulheres eutróficas, como também associar as concentrações de bifidobacterium spp. e lactobacillus spp com os parâmetros metabólicos, em mulheres com obesidade mórbida. métodos: estudo transversal realizado em 19 mulheres com obesidade mórbida no pré-operatório da cirurgia bariátrica e em 13 mulheres eutróficas. foram realizadas coleta de fezes, para determinação dos gêneros bifidobacterium spp, lactobacillus spp. e ph fecal, coleta de sangue pra determinação dos parâmetros lipídicos e glicêmicos, coleta de dados clínicos e avaliação do estado nutricional. para todos os testes estatísticos realizado, foi adotado o nível de significância de p<0,05. resultados: as concentrações fecais de bifidobacterium spp., lactobacillus spp. e ph fecal não apresentaram diferenças significativas entre os grupos de estudo. as concentrações plasmáticas de hdl-c, vldl-c, triacilglicerol, hemoglobina glicada, insulina e homa-ir, apresentaram diferença significativa entre os grupos de estudo (p<0,05). não houve associação das concentrações de bifidobacterium spp. e lactobacillus spp. com os parâmetros glicêmicos e lipídicos, em mulheres com obesidade mórbida. conclusão: as concentrações de bifidobacterium spp. e lactobacillus spp são similares nos grupos estudados, como também não houve associação dessas bactérias com os parâmetros metabólicos. resultados esses com possível influência do período de acompanhamento e orientações nutricionais, que antecedem a indicação da cirurgia não obstante, o presente estudo confere subsidio para a continuidade de estudos longitudinais que avaliem intervenções.