Os cursos d’água em áreas urbanas possuem alto potencial de requalificação, mesmo quando sofrem as consequências de fortes intervenções. as alterações geradas, principalmente pela poluição e canalização, intensificam-se na área costeira, onde se concentra grande parte da população do brasil. nesse trabalho se estudou a funcionalidade ecológica de cursos d’água em relação à urbanização, apontando algumas implicações para o gerenciamento e requalificação da paisagem fluvial. foram avaliados os efeitos da urbanização na integridade dos cursos d’água da bacia hidrográfica do itacorubi (florianópolis-sc). investigou-se a influência do revestimento do leito na funcionalidade do habitat. além disso, foram analisados três protocolos de avaliação rápida para a caracterização da paisagem fluvial. a metodologia empregada envolveu a caracterização da urbanização pela determinação da área impermeável na bacia hidrográfica; o estudo da qualidade da água com medição de parâmetros físico-químicos e biológicos; a caracterização de parâmetros do escoamento; e, por fim, o estudo da comunidade de macroinvertebrados aquáticos. quanto à qualidade da água, os resultados confirmam a relação entre o aumento da área impermeável e o decréscimo na integridade dos rios. de acordo com a comunidade de macroinvertebrados, os grupos analisados mostraram a diminuição da diversidade em relação à intensidade de urbanização e à simplificação do habitat, bem como o aumento da abundância de populações tolerantes à poluição. os protocolos se mostraram ferramentas úteis para a avaliação da paisagem fluvial, com resultados coerentes aqueles obtidos por procedimentos analíticos. o trabalho fornece alguns elementos mínimos, necessários aos projetos de melhoria ambiental das áreas ribeirinhas, que influenciam nos processos ecossistêmicos e na manutenção da biodiversidade.