Uma importante questão ainda muito polêmica no mundo está relacionada com os riscos da liberação comercial de organismos geneticamente modificados (ogm), particularmente o impacto ambiental que as plantas geneticamente modificadas podem gerar. este trabalho tem como objetivo geral investigar as possíveis alterações bioquímicas e dos produtos da expressão gênica de uma variedade comercial de milho transgênico tolerante ao roundup ready® (evento nk603), submetida a condições de déficit hídrico e aplicação de herbicida. o primeiro ensaio realizado, denominado ensaio sem herbicida, foi um ensaio em blocos ao acaso com distribuição trifatorial (transgenia x estresse x ambiente). este ensaio foi realizado em casa de vegetação (cv) e câmara de crescimento (cc) (fator ambiente), composto por híbridos transgênicos (t) e sua isolinha convencional (c) (fator transgenia), submetidos a rega controle (cont) ou seca (seca) (fator estresse). o segundo ensaio, denominado ensaio com herbicida, foi um ensaio em blocos ao acaso unifatorial, o qual foi formado também por três blocos, sendo cada unidade experimental composta por um grupo de três vasos (uma planta por vaso), com dois tratamentos: milho transgênico submetido a seca com aplicação de herbicida (tseca rr); milho transgênico submetido a seca sem aplicação de herbicida (tseca). a análise proteômica comparativa dige demonstrou diferença na expressão de proteínas entre as plantas de milho transgênicas (nk603) e sua isolinha convencional mais próxima (31 spots). o fato de terem sido detectadas proteínas diferencialmente expressas entre os tratamentos ccont x tcont (17 spots) e cseca x tseca (14 spots), leva a conclusão de que estas plantas não diferem entre si apenas pela expressão da proteína alvo da transformação genética (cp4 epsps) conforme proposto pela empresa proponente desta tecnologia e assim levado em consideração pelas agências regulatórias. além disso, apesar do nível de variação causada pelo modificação genética não se diferir do nível da variação causada pelo ambiente (em termos de número total de proteínas diferenciais), as plantas transgênicas respondem diferencialmente com relação a sua linha isogênica quando cultivadas no mesmo ambiente, o que apoia a ideia da existência de efeitos pleiotrópicos oriundo da inserção da sequência exógena para o evento nk603. a análise comparativa do proteoma no segundo ensaio ainda revelou que a aplicação de herbicida nas plantas transgênicas em situação de estresse por desidratação resulta no aumento da expressão de algumas proteínas e até no provável silenciamento de um ou mais genes responsável pela transcrição de uma proteína. as análises de quantificação de alguns dos principais fitormônios envolvidos nos mecanismos de defesa a estresse pelas plantas, revelou que a concentração de aba, meja, sa, ca e ga3 foi diferente entre as plantas transformadas e não-transformadas, bem como as interações foram significativas entre os fatores “estresse” e “ambiente”. verificou-se também que a situação de estresse e o cultivo em diferentes ambientes resultaram na variação no conteúdo de todos os fitormônios analisados. com relação a análise quantitativa de lignina, a transformação genética também provocou alterações no teor de ltga, pois assim como encontrado por outros autores em diferentes eventos de transformação, as plantas transformadas (nk603) apresentaram teores de lignina superior aos das plantas não transformadas.além disso, a análise de lignina nos tratamentos do segundo ensaio revelou que a aplicação de herbicida em plantas transgênicas em situação de déficit hídrico provocou ainda mais o aumento no teor de lignina. o tratamento tseca rr apresentou em média um aumento de 33% na concentração de ltga em comparação ao tratamento tseca. portanto, os resultados encontrados neste trabalho concordam com resultados de outros estudos sobre a existência de efeitos pleiotrópicos relacionados a expressão proteica, aumento nos teores de fitormônios e lignina em plantas geneticamente modificadas (evento nk603), submetidas a diferentes condições de cultivo.