A epidemia de hiv/aids na região sul do brasil é distinta da observada em outras regiões do país. principalmente nos estados de santa catarina (sc) e do rio grande do sul (rs) as taxas de incidência anual de aids e de mortalidade pela doença são bem maiores que a média nacional. além disso, na mesma região é encontrada grande prevalência de subtipo c enquanto nos outros estados brasileiros há predominância do subtipo b. uma minuciosa revisão da bibliografia revelou que, apesar de vários estudos já terem descrito a epidemia molecular do subtipo c nas capitais do sul do brasil, uma investigação que abrangesse de forma representativa a população dessa região ainda fazia-se necessária. em vista disso, o trabalho apresentado aqui estudou a epidemia do hiv em 13 municípios do interior dos estados de sc e do rs. material biológico e dados epidemiológicos de aproximadamente 350 pacientes foram coletados e utilizados para montar um banco de dados com informações moleculares, clínicas e demográficas. em praticamente todas as cidades amostradas, mas principalmente em sc, o hiv-1 subtipo c mostrou-se como forma predominante. no rs, um número maior de formas recombinantes foi observado com três possíveis novas formas circulantes recombinantes (crf) identificadas. análises filodinâmicas revelaram um crescimento mais rápido da epidemia do hiv-1 subtipo c em relação ao subtipo b, sendo esta diferença ainda mais pronunciada em sc, onde também observou-se uma clara segregação dos subtipos virais entre categorias de exposição. os dados coletados aqui ainda foram utilizados em um estudo filogeográfico para descrever a expansão da epidemia do subtipo c pelo brasil. através da análise integrada de dados ecológicos e moleculares foi identificado que a origem dessa epidemia ocorreu em porto alegre e a partir desta cidade o subtipo c foi sendo progressivamente introduzido em cidades mais distantes e/ou isoladas. a prevalência de hiv-1 e o número de pessoas infectadas pelo subtipo c foram identificados como preditores da dispersão viral do sul ao norte do país. em conclusão, os resultados apresentados aqui revelam o rápido crescimento que a epidemia do hiv-1 subtipo c teve em sc e rs; discute como a separação em diferentes grupos de exposição pode impactar na velocidade de expansão e também na formação de novas recombinantes; e ainda descreve as rotas de dispersão do subtipo c rumo ao norte do brasil, alertando para o potencial expansivo dessa epidemia em outras regiões, principalmente no centro-oeste.