Resumo o estado de santa catarina, por suas características geográficas e da qualidade das águas litorâneas, tornou-se um ambiente ideal para o cultivo de organismos marinhos, especialmente moluscos bivalves, como ostras da espécie crassostrea gigas. o fato de as ostras serem tradicionalmente consumidas in natura, reforça a necessidade de medidas eficientes de controle da produção e de métodos adequados e rápidos para detecção de patógenos. o método de coleta, as condições de armazenamento sob refrigeração e manuseio influenciam sobre a qualidade das ostras comercializadas, sendo que algumas espécies, como vibrio cholerae, vibrio parahaemolyticus e vibrio vulnificus são potencialmente patogênicas para o homem, representando riscos à saúde pública. as análises convencionais para detecção e quantificação de vibrio spp., como a iso 21872 e número mais provável (nmp), apesar de ainda muito utilizadas no brasil, são técnicas laboriosas, demoradas e de sensibilidade reduzida. os métodos moleculares atuais, como o pcr em tempo real, por exemplo, são extremamente sensíveis, rápidos e eficientes para a detecção de patógenos alimentares. com base nisso, esse estudo teve como objetivo comparar os métodos iso 21872 e pcr em tempo real em amostras de ostras (c. gigas) artificialmente contaminadas com v. cholerae, v. parahaemolyticus e v. vulnificus e avaliar os efeitos da temperatura e do tempo no armazenamento de ostras (c. gigas) contaminadas com v. parahaemolyticus. foram analisadas um total de 70 amostras de ostras contaminadas artificialmente com vibrio spp. e foi possível obter as seguintes positividades para o método iso 21872: v. cholerae, 78,6%; v. parahaemolyticus, 71,43%; v. vulnificus, 78,6%; v. cholerae e v. alginolyticus, 64,29%; v. vulnificus e v. mimicus 64,29% e 100% de detecção para todas as amostras pelo método de pcr em tempo real. os resultados mostraram uma alta sensibilidade do método pcr em tempo real. com relação aos efeitos da temperatura e do tempo no armazenamento de ostras (c. gigas) contaminadas com v. parahaemolyticus, verificou-se que as ostras contaminadas naturalmente com v. parahaemolyticus, apresentaram um aumento nas contagens no quinto dia de armazenamento, de 1,9 log nmp g-1 para a temperatura de 7ºc e 3,5 log nmp g-1 para temperatura de 20ºc, valores superiores foram observados nas contagens de amostras artificialmente contaminadas no quinto dia de armazenamento, de 3,8 log nmp g-1 para a temperatura de 7ºc, e valores superiores de 5,2 log nmp g-1 para temperatura de 20ºc, sendo assim, as condições de armazenamento influenciaram sobre a qualidade microbiológica final das ostras.